Sebelum seri NieR menjadi populer dan besar seperti sekarang, seri ini awalnya hanyalah sebuah spin off dari game Yoko Taro sebelumnya yang berjudul Drakengard. Namun kesuksesan NieR saat ini pastinya juga tidak terlepas dari tokoh dibaliknya yaitu duo ikonik Yoko Taro dan Yosuke Saito.
Baru baru ini ketika berbicara dengan Famitsu, Saito mengungkap ternyata sebelum ide NieR pertama muncul, produser Yosuke Saito diminta untuk memilih antara membuat judul untuk franchise yang sudah mapan dan terkenal atau bekerja sama dengan Yoko Taro. Bakat yang ditunjukkan Yoko di Drakengard akhirnya memikat Saito, yang berujung pada terciptanya franchise NieR.

Saito bercanda bahwa game lain yang diberi kesempatan untuk diproduksinya bisa saja berakhir menjadi lebih sukses daripada kedua versi NieR (NieR Replicant awalnya dirilis di Jepang untuk PlayStation 3 sementara NieR Gestalt adalah versi Xbox 360 alternatif yang menampilkan protagonis yang lebih tua). Yoko Taro berkomentar bahwa tim pengembang memperlakukan game NieR pertama sebagai proyek eksperimental dan tidak pernah menyangka akan menjadi hit. Mengingat kedua game tersebut menerima ulasan yang biasa-biasa saja dari para kritikus dan hanya terjual cukup banyak untuk mencapai titik impas saat dirilis, tampaknya mereka benar. Namun, Saito menekankan bahwa ia membuat pilihan untuk bertaruh pada Yoko karena bakatnya sebagai kreator.

NieR bahkan bukan proyek pertama yang diusulkan Yoko Taro kepada Yosuke Saito setelah ia memutuskan untuk bekerja sama dengannya. Kehormatan itu diberikan kepada game side scrolling action puzzle yang mirip dengan Solomon’s Key (dikembangkan oleh Tecmo pada tahun 1986). Ketika ditanya tentang gim tersebut, Yoko Taro ingat bahwa judulnya adalah “Echo” dan tidak lebih. Saito tidak senang dengan usulan awal tersebut, karena ia ingat meminta Yoko untuk mempertimbangkan kembali ide gimnya.

Saito tidak pernah mengungkapkan gim yang bisa ia garap sebagai pengganti NieR, mungkin karena alasan kerahasiaan dan bahwa gim itu suatu hari nanti dapat diubah menjadi judul di masa mendatang. Dunia mungkin tidak akan pernah tahu seperti apa gim yang belum diciptakan itu, tetapi akan selalu ada orang-orang yang bersyukur bahwa Saito mengambil kesempatan pada ide-ide aneh Yoko Taro.